L'origine de l'église primitive n'est pas connue.

Le chœur roman est du XI ou XIIe siècle, le clocher est plat et le cimetière, autour de l'église. 
En 1600, l'église primitive est agrandie avec la construction d'un clocher carré. Le presbytère est accolé à l'église dans sa partie nord. L'église ne reçoit la lumière que par deux fenêtres au midi. 
En 1668, la chapelle Saint-Léon est construite ainsi que le caveau familial des de Lur Saluces, propriétaires d'Yquem, dans une crypte sous le chœur. 
En 1674 et 1676, les chapelles latérales sont ajoutées. 
En 1731, un clocher quadrangulaire est construit au midi en remplacement du vieux clocher carré. 
La cloche est fondue en 1767. 
En 1842, le conseil municipal vota des fonds pour l'église actuelle et le nouveau presbytère. Le chœur d'origine est conservé. Le clocher est construit de 1860 à 1868 et la cloche fondue en 1891. 
La statue placée à l'entrée de l'église Saint-Pierre-ès-Liens, en bois polychrome de XVII° siècle, représente vraisemblablement Saint-Paul et pas Saint-Pierre.

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